Det kan ofte være nyttig å etablere en fast struktur for systemet eller man kan utarbeide en disposisjon for et internkontrollsystem. Dette gjør det lettere for de som skal bidra i prosessen til å forstå hvilken funksjon de ulike rutinene har.
Et internkontrollsystem kan bestå av følgende tre hoveddeler:
• Gjennomførende del. Her inngår de praktiske rutinene. Kort sagt; hvem skal gjøre hva, på hvilken måte, til hvilken tid, under hvilke omstendigheter og hvilket resultat skal oppnås.
• Kontrollerende del. Her inngår sjekklister, egenkontroll, rapporter. Spør kontrollspørsmål: Følger vi systemet vårt? Hvilke avvik har vi? Hvordan kan disse rettes opp?
• Styrende del. Dvs. en beskrivelse som innholder omtale av behandlingsansvar, behandlinger, mål/strategi, identifiserte krav/plikter (behandling – formål - hjemmel), ansvar og myndighet samt intern organisering.